Hace unas semanas quise ver un capítulo en el que los subtítulos (en un archivo) iban retrasados respecto a la imagen. Se me ocurrió cortar los cuatro primeros segundos del vídeo para sincronizarlo. Para cortar el vídeo utilicé mencoder. Instálalo mediante el siguiente comando:
sudo apt-get install mencoder
Una vez instalado, ya puedes cortar el vídeo desde (y hasta) el instante que quieras. Por ejemplo, para cortar un vídeo del segundo 20.5, al 80 (siendo el período del 20.5 al 80 el que se desea conservar), se debe teclear:
mencoder VideoInicial.avi -ss 20.5 -endpos 80 -ovc copy -oac copy -o VideoFinal.avi
